V těhotenství – k vyloučení rizika ovlivnění vývoje plodu. 

U pacientů s kardiostimulátorem – může dojít k poruše přístroje s fatálními následky. Nedoporučujeme aplikaci ani na vzdálené části těla, protože není jistota, že se pacient při pohybu (např. předklonění) nepřiblíží kardiostimulátorem k aplikátoru.

Při krvácení jakéhokoliv původu – z trávicího traktu, z konečníku, vykašlávání krve, menses apod., protože NPMP zintenzivňuje prokrvení tkáně a krvácení by bylo podporováno.

Při bolesti na prsou – kdy nelze vyloučit infarkt myokardu, mohlo by mít za následek ovlivnění srdečního rytmu až srdeční zástavu.

Z preventivních důvodů neaplikujte u osob, které byly v minulosti léčeny pro nádorové onemocnění (i když zahraniční literatura uvádí pozitivní účinky pulzních magnetických polí na metastázy kostí apod.).

Magnetoterapie se preventivně neaplikuje ani při epilepsii nebo jiných záchvatových stavech, protože nelze vyloučit zvýšenou pohotovost k záchvatu při aplikaci. Přesto u mnoha poúrazových epilepsiích, kde magnetoterapie pomáhá hojit poškozené tkáně a působí protiotokově, může být významným léčebným přínosem. 

Doporučujeme věnovat zvýšenou pozornost pacientům s vysokým krevním tlakem, zejména když se aplikátor přikládá na oblast zad či krční páteře. Magnetické pole ve většině případů vyvolává přechodné snížení krevního tlaku, a proto doporučujeme po ukončení aplikace ještě 10 – 15 minut klid na lůžku nebo vsedě. Náhlé postavení může vést k závrati až ortostatickému kolapsu.